日前，11個醫師團體發表聯合聲明，對於醫學生員額調整表達強烈不滿，認為相關政策已逾越既有的總量管制原則。對此，教育部連續兩天出面澄清，表示所有醫學生招生均未超出總量1300名的上限，此次變動僅配合衛生福利部政策調整，否認有「繞道招生」的情況。

醫師團體指出，政府在規劃醫學生招收人數時，國防醫學院名額並未計入1300名總量，質疑其被刻意忽略；而清華大學、中興大學、中山大學等三所設有學士後醫學系的大學，原本的公費生名額轉為一般生，且每校招生名額由23人增為35人，可能使管控鬆動。他們擔心此舉變相增加醫學生總數，影響原訂資源分配及醫療教育品質。

對此爭議，衛生福利部長出席醫院院慶活動時回應，醫學生總量與醫療教育、健康照護品質息息相關，衛福部一貫堅持總量管制，現行政策未曾更動，並會持續與教育部協調。

教育部則發表新聞稿指稱，醫學系招生總量自民國87年（1998年）起已嚴格控管，1300名的上限自始未曾鬆綁。此次將三所大學學士後醫學系公費生轉為自費一般生，是基於「重點科別培育公費醫師制度計畫」政策調整，其中衛福部決定不再續辦公費生名額，教育部遂邀集相關單位討論後續，數次詢問衛福部意見，並取得同意，在不超過1300名的前提下，重新指定名額分配。

教育部強調，國防醫學院因應國防需求自行分配名額，該校招生人數不由教育部核定，不納入1300名總量之內，因此外界將國防醫學院、境外醫學生等與總量計算混為一談，屬誤解。同時，學士後醫學系學生來源與一般高中生不同，入學管道分流，也不會排擠其他大學權益。

根據現有資訊，教部並未公布醫學系總招生人數詳列，但依各校招生名額預估，114學年度醫學系，扣除公費生後，招生總額約1100人。到115學年度，三校學士後醫學系公費生轉為一般生，加上新併入的105個名額，總招生規模約1200人，距總量上限1300人尚有餘裕。

有關醫學生總量問題，政府部門與醫界意見各異，未來如何取得共識仍待持續協商與討論。